龙穴岛物流基地规划面积约65平方公里，经论证可建设100多个5-15万吨的深水码头。南沙港区一期4个5万吨级集装箱深水泊位于2004年9月建成投产。码头长1400米，陆域纵深1300米；港区用地面积182万平方米，堆场（包括预留堆场）面积100万平方米。码头前沿水深-17米，停泊水域宽度80米，港池宽度为600米；目前航道宽度为160米，航道水深初期-13.0米，今后将浚深到-15.5米能满足最大型集装箱船全天候进出港的要求。另有驳船码头岸线长420米。港区配有冷藏、危险品箱场、装拆箱库、进出闸口通道等相关设施。

    南沙港区二期6个5万吨级集装箱深水泊位已获国家批准，正在加紧建设，其中5#和6#两个泊位已于2006年底投产，另外4个泊位7#-10#将于2007年9月建成投产。南沙港2005年吞吐量108万标箱，2006年238万标箱，2007年预计350万标箱。